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　　1999年，揭阳市辖榕城区和揭东、惠来、揭西3县，代管普宁市（县级）。并设立东山区管理委员会、揭阳经济开发试验区、普宁华侨管理区和大南山华侨管理区，赋予部分县级管理职能。下辖71个镇、10个乡、16个街道办事处，15个农场。榕城区辖5办事处2镇（榕华办事处、新兴办事处、中山办事处、西马办事处、榕东办事处、仙桥镇、梅云镇），东山区管理委员会3办事处1镇（东升办事处、东阳办事处、东兴办事处、磐东镇），揭阳经济开发试验区3办事处1镇（溪南办事处、风美办事处、京岗办事处、渔湖镇）。揭东县辖15镇（曲溪镇、云路镇、玉窖镇、登岗镇、炮台镇、地都镇、霖磐镇、白塔镇、龙尾镇、月城镇、桂岭镇、新亨镇、玉湖镇、锡场镇、埔田镇）。揭西县辖16镇4乡（河婆镇、龙潭镇、南山镇、五经富镇、京溪园镇、花寨镇、塔头镇、东园镇、风江镇、棉湖镇、金和镇、大溪镇、钱坑镇、坪上镇、五云镇、上砂镇、良田乡、西田乡、大洋乡、下砂乡）。惠来县辖14镇3乡（惠城镇、华湖镇、仙庵镇、靖海镇、周田镇、前詹镇、神泉镇、东陇镇、岐石镇、隆江镇、溪西镇、鳌江镇、东港镇、葵潭镇、南海乡、青山乡、河林乡），大南山华侨管理区3办事处（桃园办事处、龙湖办事处、岭门办事处）。普宁市辖22镇3乡（流沙镇、赤岗镇、大坝镇、洪阳镇、南溪镇、广太镇、麒麟镇、南径镇、占陇镇、军埠镇、下架山镇、大南山镇、高埠镇、云落镇、大坪镇、船埔镇、梅林镇、汕尾镇、里湖镇、石牌镇、梅塘镇、燎原镇、鱼后溪乡、南阳乡、黄沙乡），普宁华侨管理区2办事处（侨新办事处、侨东办事处）。

　　2000年，据第五次全国人口普查数据：揭阳市总人口5237405人；榕城区633570人揭东县1068986人揭西县716789人惠来县961658人普宁市1856402人

　　2002年，揭阳市辖1个市辖区、3个县，代管1个县级市，12个街道、68个镇、10个乡。

　　2003年，揭阳市对榕城、普宁、揭西、惠来的部分乡镇行政区划进行调整。

　　2004年，揭阳市辖1个市辖区、3个县，代管1个县级市。

　　2005年，揭阳市辖1个市辖区、3个县，代管1个县级市，16个街道办事处、65个镇、2个乡。